Santo Domingo Zanatepec es una ciudad y municipio de Oaxaca, en el suroeste de México. Es parte del distrito de Juchitán, en el oeste de la región de Istmo de Tehuantepec. El municipio, establecido el 15 de marzo de 1825, tiene una superficie de 1024,49 km². El clima es cálido y húmedo, con lluvias en verano y otoño, con un promedio anual de 1,220 mm. El municipio es principalmente pastizal, con zonas de madera. Las especies silvestres incluyen liebres, conejos, zorros grises, coyotes, venados, iguanas, armadillos y aves silvestres como palomas, codornices y torres. A partir de 2005, el municipio tenía 2.727 hogares con una población total de 10.716 de los cuales 211 hablaban una lengua indígena.
La principal actividad económica es el cultivo de maíz, sorgo, sésamo, hortalizas y frutas. Algunas familias crían ganado, cerdos y cabras. Hay sitios arqueológicos en la ciudad de Santo Domingo y en Coyotera Regadillo. La iglesia de Santo Domingo data del siglo XVI.